超人佳亞從「根源破壞招致物體」手上拯救了地球之後，高山我夢（超人佳亞）重回到城南大學的校園，過著平靜的每一日。他現在擁有的變身器Esplander也已經失去了超人的光茫。一方面地球又開始受某些東西的侵略了……。我夢再次被特種迎戰保衛隊XIG召集。終於，根源破壞海神Gakuzomu、根源破壞飛行魚Rozan出現了。究竟失去了超人的光茫的高山我夢和藤宮博也能否取回超人的光茫？而地球的命運又會如何？

我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？他最后能不能知道所有事情真相呢……

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，平行存在于现实世界中的横浜。幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，期待着未来和他们擦出的火花吧。早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，从未见过的奥特曼出现了，他的名字是「迪迦」！昭和宇宙人和平成奥特曼激突！