全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界里,千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”,最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是,由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。科学 vs 武力的战斗经过激战,千空等人的科学王国占优势,之后两国终于和解。由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类,科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标!冲出世界解开石化之谜!石头世界大航海时代终于开幕——‼
这部奇幻电影以一家神秘的百货商店为背景,在这家商店里,所有到访的顾客都是动物。主人公秋野是新来的门房。其中,"V.I.A."(Very Important Animals,非常重要的动物)顾客是一种已经灭绝的物种,他们都是独一无二的个体,都有一两个怪癖。无论是想要取悦多年妻子的猫头鹰、为父亲寻找礼物的海貂,还是正在考虑如何向女友求婚的日本狼,秋野都会尽力满足因各种原因光顾北极百货公司的顾客的期望。